藥物創新研究院采取“總部+分部+網絡實驗室+產業化基地”模式,以上海藥物所為總部,建立西南、西北、華南分部,并建設蘇州、中山、煙臺、海門、杭州等產業化基地。面向全院新藥研發力量進行“資源整合”,擴大新藥發現的來源,在全院范圍內發揮新藥研發技術綜合性大平臺優勢,進一步完善方向布局,由化學藥、中藥研發為主的研究所,發展為化學藥、中藥及民族藥、生物藥并舉的研究院。通過自主部署科研項目、促進成果轉移轉化“雙輪驅動”,優化人才評價和科研管理創新等配套政策“改革牽引”,在提升自主創新能力、鼓勵科研人員創新創業、加快成果轉移轉化、深化機制體制改革等方面取得了較好進展。2016年底,藥物創新研究院通過中科院組織的籌建驗收并被評定為A檔,成為“率先行動”計劃的一大亮點。